miércoles, 23 de junio de 2021

RASTREANDO CON URGENTEMENTE NUEVAS VARIANTES DE CORONAVIRUS POR TODO EL MUNDO

 


Los esfuerzos de secuenciación genómica del SARS-CoV-2 son limitados en los países en desarrollo, pero los científicos se están movilizando para ayudar. Siendo este método el único que se tiene para encontrar variantes en el virus.

COVID parece estar en retroceso en los EE. UU. Y otras naciones que tienen un acceso generalizado a las vacunas. Pero algunos países en desarrollo con altas tasas de infección se han convertido en puntos críticos de variantes virales que pueden ser más transmisibles o resistentes a las vacunas, y estas variantes pueden cruzar rápidamente las fronteras nacionales. Por ejemplo, la variante B.1.167.2 (ahora denominada Delta) que se detectó por primera vez en India se ha extendido a más de 70 países.

Gran parte del mundo en desarrollo carece de capacidad para la vigilancia viral, es decir, esfuerzos para monitorear la propagación y evolución de nuevas variantes. Este proceso requiere tecnología costosa de secuenciación genómica y mano de obra capacitada que muchas naciones no tienen. Nepal, por ejemplo, ha secuenciado solo el 0,01 por ciento de los más de 600.000 casos notificados en el país hasta ahora. Las nuevas variantes podrían deshacer el progreso ganado con esfuerzo para frenar la pandemia. Las variantes que evolucionan para poder reinfectar a personas previamente infectadas probablemente también reduzcan la eficacia de las vacunas. 

Los científicos y las organizaciones de todo el mundo están trabajando ahora para desarrollar la capacidad de cazar variantes en los países en desarrollo. Se están movilizando para entregar fondos, capacitación y equipo donde más se necesitan estos recursos, con la aspiración de crear una infraestructura de vigilancia viral duradera.

En la India, 27 laboratorios se han unido para crear el Consorcio de Genómica del SARS-CoV-2 de la India (INSACOG). El grupo planea secuenciar el 5 por ciento de todos los casos positivos de COVID en el país (la tasa actual es solo del 0,09 por ciento). Están creando la capacidad de vigilancia de ese virus bajo un solo paraguas podría, en principio, hacer que ese objetivo sea factible. Pero no hay suficientes trabajadores de campo capacitados, y los laboratorios tienen una grave escasez de reactivos químicos necesarios para los análisis genómicos.

Los expertos internacionales ahora están interviniendo para ayudar. Recientemente, se formó un grupo de voluntarios sin fines de lucro llamado INDIA COVID SOS para ayudar con la respuesta a la pandemia en el país. Su objetivo es escalar la vigilancia genómica en toda la India, así como entre las naciones vecinas del sur de Asia.

La vigilancia rural también es una prioridad en África. Millones de personas en el continente viven en áreas remotas que también son puntos calientes de brotes de enfermedades. Varias nuevas asociaciones tienen como objetivo impulsar la secuenciación en los países africanos. La mayor parte de la capacidad de secuenciación en África se concentra en Sudáfrica, Kenia, Nigeria, Marruecos y Egipto.

   En los países de América Latina, que actualmente registran algunas de las tasas de infección por COVID más altas del mundo. Algunos países de la región ya tienen capacidades de secuenciación bastante sólidas, pero la red está liderando los esfuerzos para desarrollar la capacidad de vigilancia donde no existe, como es el caso en gran parte de América Central. Mientras tanto, dos grandes laboratorios de referencia, uno en Brasil y otro en Chile, están secuenciando muestras enviadas por otros países.

  Además de crear asociaciones y redes, los científicos también están explorando tecnologías de secuenciación de bajo costo que podrían implementarse fácilmente en el campo. Casi todos los casos de SARS-CoV-2 secuenciados hasta ahora se han basado en instrumentos grandes y costosos alojados en instalaciones de laboratorio con clima controlado. Como alternativa se está fomentando el uso más amplio de un dispositivo de secuenciación portátil fabricado por Oxford Nanopore Technologies en Inglaterra. El dispositivo, llamado MinION, puede funcionar con una batería, procesa 96 muestras a la vez y utiliza software para generar secuencias genómicas completas que se pueden almacenar en una computadora portátil. Están buscamos tecnologías que sean baratas, eficientes, escalables y portátiles, y este es un ejemplo.

   Muchos están de acuerdo en que el MinION es una opción práctica para las naciones en desarrollo, especialmente en entornos rurales. La tecnología portátil se utilizó ampliamente durante los recientes brotes de ébola en la República Democrática del Congo y otros países de África Occidental. Puedes generar secuencias con él desde cualquier lugar. El MinION tiene sus inconvenientes: la calidad de los datos no es tan buena como la que proporcionan los instrumentos de laboratorio. Sin embargo, eso también se puede corregir computacionalmente si tiene muchas copias de la misma secuencia.

Se sostiene que es posible que no siempre se necesiten secuencias de genoma completo. Todas las mutaciones importantes del SARS-CoV-2 identificadas hasta ahora, se encuentran en el mismo tramo del genoma que codifica la conocida proteína de pico del microbio. Los científicos pueden simplemente apuntar a esta pieza de la geometría viral con un método alternativo llamado secuenciación de Sanger. Este método, que se utilizó como parte del esfuerzo que condujo a la secuenciación del genoma humano completo en 2003, todavía se utiliza en laboratorios de todo el mundo. A diferencia de los métodos de genoma completo que secuencian millones de fragmentos genéticos simultáneamente, el método Sanger secuencia un fragmento a la vez. Sanger no puede reemplazar la secuenciación del genoma completo, pero puede usarlo para análisis específicos a una fracción del costo. La gente lo ha estado usando en pequeños laboratorios durante décadas. Lo usaría para monitorear variantes conocidas, para calificar muestras para la secuenciación del genoma completo y para el rastreo de contactos de personas infectadas en hospitales ".

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